La reforma al artículo 51, penúltimo párrafo, de la Ley Federal de Procedimiento Contencioso Administrativo, vigente a partir del 11 de diciembre de 2010, tuvo como ratio legis el dictamen de las Comisiones Unidas de Hacienda y Crédito Público; de Justicia, y de Estudios Legislativos, Segunda, que consideró: “…esta iniciativa prevé la reforma al cuarto párrafo del artículo 51 de la Ley Federal de Procedimiento Contencioso Administrativo, a efecto de evitar mayores dilaciones en los juicios que se tramitan ante el mismo (Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa)…para evitar la reiteración del acto impugnado que esta vez sea emitido por una autoridad auténticamente competente y que con ello se dé inicio a un nuevo juicio.”. Luego, en la discusión sustentada en el Senado, que actuó como Cámara de Origen, se determinó: “…Por su importancia para salvaguardar el principio de mayor beneficio al justiciable el dictamen recoge la propuesta de obligar al tribunal a que, al emitir sus resoluciones, analice no solamente la competencia de la autoridad, sino también los agravios hechos valer por las partes; es decir, las cuestiones de fondo.-Esto    significa recuperar en todos los casos la esencia de la justicia, que es superar la mera forma para atender lo que al ciudadano le importa más…En síntesis…el dictamen…se dirige a cumplir tres objetivos fundamentales: …Dos. Resolver invariablemente el fondo de los asuntos con base en el principio del mayor beneficio para el justiciable, para evitar reenvíos innecesarios y juicios interminables y costosos.”. Al respecto, la Segunda Sala de la Suprema Corte de Justicia de la Nación, en la jurisprudencia 2a./J. 66/2013 (10a.), publicada en el Semanario Judicial de la Federación y su Gaceta, Décima Época, Libro XXI, Tomo 1, junio de 2013, página 1073, estableció que en el amparo directo “…cuando la incompetencia de la autoridad resulte fundada y además existan agravios encaminados a controvertir el fondo del asunto, las Salas del Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa deberán analizarlos, y si alguno de éstos resulta fundado, con base en el principio de mayor beneficio, procederán a resolver el fondo de la cuestión efectivamente planteada por el actor.”, pues “…debe privilegiarse el estudio de los argumentos que, de resultar fundados, generen la consecuencia de eliminar totalmente los efectos del acto impugnado; por tanto…las Salas referidas deben examinar la totalidad de los conceptos de anulación tendentes a controvertir el fondo del asunto, aun cuando se determine que el acto impugnado adolece de una indebida fundamentación de la competencia de la autoridad demandada…”. Por consiguiente, cuando el Tribunal Colegiado de Circuito, al examinar la sentencia del Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa, declare la incompetencia de la autoridad administrativa que emitió el acto y advierta que existen conceptos de impugnación encaminados a combatir el fondo del asunto, conforme al principio de mayor beneficio que rige en el dictado de las sentencias del procedimiento contencioso, no debe conceder la protección constitucional sólo para que declare la nulidad del acto, sino que el alcance de la sentencia protectora debe obligar a la Sala a sustituirse al criterio discrecional de la autoridad administrativa que resulte competente, y a resolver el fondo de la cuestión efectivamente planteada, ya que de no hacerlo, dejaría en aptitud a la autoridad que realmente resulte competente en posibilidad de reiterar lo que dijo la incompetente, con la consecuente instauración de un nuevo juicio de nulidad, necesario para impugnar esa diversa resolución. (IV.1o.A.42 A  (10a.))

S.J.F. X Época. Libro 30. T. IV. 1er. T.C. del 4o. C., mayo 2016, p. 2944